南京医科大学附属明基医院（南京医科大学第四临床医学院）是台湾明基友达集团与南京市国资集团经国家卫生部和商务部批准于 2003年共同投资设立。2015 年经江苏省卫计委及南京市投促委批准成为独资经营医院。2022 年获评三级甲等综合医院。医院致力于医疗、教学、科研、运营四位一体的学院型医院建设。是南京医科大学附属医院，东南大学医学院教学医院，南京中医药大学教学医院。
南京明基医院坐落在南京河西新城，占地 600 亩，一期占地 200 亩，建筑面积 22 万平方米，设置床位 1500 床。
目前院内设有临床科室 38 个，医技科室 13 个。现有国家临床重点专科 1 个；江苏省省级临床重点专科（含建设单位）2 个；南京市医学重点专科 16 个。建立了一批以肾内科、耳鼻咽喉科头颈外科、胰腺中心、肠瘘与腹腔感染中心、神经外科、骨科为代表的特色学科。
南京明基医院汇聚大陆、台湾及海外医疗专家，其中享受国务院特殊津贴专家5人，江苏省有突出贡献中青年专家2人，江苏省双创人才3人，江苏省特聘医学专家4人，博士生导师8人，硕士生导师14人。
医院为中国非公医疗机构协会副会长单位。江苏省医院协会副会长单位。江苏省博士后创新实践基地，江苏省血液净化技术培训基地，首批国家胸痛中心认证单位，南京市创伤救治中心，南京市卒中中心，全国健康管理示范基地，国家药物临床试验机构，检验科通过 ISO15189 评审认证。
医院被纳入南京医科大学第四临床医学院管理，教学职能覆盖院校教育、毕业后医学教育、继续教育，医学教育全阶段。医院每年接受理论见习学生、实习生、研究生、住院医师、进修生等来院学习人员近五百人。引进哈佛大学麻省总院的赵云教授、华盛顿大学王晓燕教授，并围绕两位科学家投入一千余万元，建设中心实验室及外科实验室，组建专职科研团队，连续多年获国家自然科学基金、江苏省自然科学基金项目资助，在研各类纵横向课题百余项，发表SCI论文百余篇。
2018年获非公立医疗机构信用与能力评价最高等级荣誉三A五星认证。2021年获艾力比全国社会办医单体医院100强第十四名。
医院是医保定点与商保合作医疗机构。医院于开院之初即成立国际医疗中心，提供全方位尊享特需高端医疗服务。同时，医院已与近40家国内外商业保险机构合作，提供便利的保险责任内免现金直付服务。
医院二期已于 2021 年开工，项目总建筑面积约 10.7 万㎡。建成后将是拥有 4-6 家临床医疗中心（专科医院）群的智慧医疗城。
从2008年正式运行至今，已为1000多万南京地区民众提供优质的医疗服务，目前医院年度门、急诊总量逾百万人次，出院总量逾 4 万人次。其诚信医疗和全人服务的理念赢得广大民众的信赖和卫生行政部门的好评。
医院还积极承担社会责任，与建邺区、雨花台区、六合区等20余家社区卫生机构建立医联体。并与南京周边区县及城市建立医疗合作。在抗击新冠疫情以来，共派出 2 万多人次数参加核酸采集、隔离酒店保障、注射疫苗保障、支援南京公共卫生医疗中心医疗等，获南京市抗击新冠肺炎疫情先进集体
