广东医科大学附属第二医院始建于1922年，发展史贯穿整个近代史，院名几经迭变。从昔日简陋的西医院，如今发展成为集医疗、教学、科研、康复、预防保健、基本公共卫生服务等功能为一体的大型三级综合医院。
1922年，法国广州湾公使署兴办的 爱民医院 ，这是西医传入粤西城乡的标志，亦是湛江市历史最悠久的综合性医院——广东医科大学附属第二医院之发轫。1946年，医院易名为 湛江市立西营医院 ，1952年被命名为 湛江市人民医院 ；1962年增挂 中山医学院湛江分院附属医院 牌子；1983年湛江地市合并后更名为 湛江市第二人民医院 ；1993年经市政府批准成为广东医学院第二附属医院（非直属）；2011年经省政府批准，成建制移交广东医学院，成为 广东医学院附属第二医院 （直属）；2018年5月20日正式成建制移交广东医科大学，更名为 广东医科大学附属第二医院 ；2020年经湛江市人民政府研究决定将 湛江市应急医院 落户广东医科大学附属第二医院。2021年，湛江市眼科医院正式挂靠我院。
医院现有在职人员1854人，其中博士11人、硕士研究生88人;博士研究生导师2人、硕士研究生导师16人;正高职称78人、副高职称219人，中级职称346人。院领导班子共8人，分别是院长1名，党委书记1名，副书记兼纪委书记1名，副书记1名，业务副院长4名。
目前，医院占地面积6万平方米，建筑面积14.5万平方米。开放床位1211张，设有17个医学中心、60个科室（病区）、11个医技科室。医院拥有校级重点研究所4个，临床医学研究所2个，拥有国家自然科学基金立项2项，获批广东省博士工作站。年总诊疗人数超过88万，年出院人数5万多人次， 年婴儿出生人数达6600多名，是湛江市主要的医疗卫生综合服务中心之一，承担着湛江市及周边地区大量的医疗业务和服务的工作。
现已托管湛江经济技术开发区一间医院、四间卫生院；与广东省人民医院、南方医科大学南方医院等省内高水平医院建立了专科联盟；与湛江港区人民医院、徐闻县中医院、南三镇卫生院、太平镇卫生院、硇洲卫生院、湖光镇卫生院、霞山区社区卫生服务中心、徐闻县第三人民医院、麻章区太平镇卫生院等基层卫生机构建立了医疗联合体；是廉江市雅塘卫生院、坡头区乾塘卫生院等多家基层医院的扶持单位。医院作为广东医科大学的直属附属医院、 研究生联合培训基地 及湛江市全科医师转岗培训临床实践基地，承担着重要的科研与教学工作，为本地区培养了一大批医学人才。
医院坚持 厚德、仁术、勤奋、创新 的办院宗旨，始终把社会效益和人民群众利益放在第一位。多年来，医院曾多次派送医务人员参加赴刚果、扎伊尔、赤道几内亚及西藏、新疆的援外、支边医疗队；2008年汶川大地震，医院派出医务人员支援地震灾区开展医疗救治工作等。2005年12月开始与中华健康快车基金会、湛江市残联、广东狮子会等部门合作，积极开展爱心复明工程，每年为湛江市五千多名贫困的白内障患者免费施行手术。2020年，新冠肺炎疫情发生以来，院党员和广大职工攻坚克难、逆行而上、担当作为，创下全市 四个最多、四个最早 ：报名驰援湖北医疗队的人员最多（726人）、选派出征人数最多（12名）、在湖北前线 火线入党 的人员最多（4名）、派出医务人员参加内地核酸检测支援队赴香港协助特区抗击疫情最多（2名）；最早成立抗疫一线临时党支部、最早建成新冠肺炎康复中心、最早建好规范的发热门诊、最早开通 发热咨询 免费在线问诊、 在线心理咨询服务 。我院援鄂医疗队集体和个人分别荣获全国、省、市等多项表彰。此外，市级以上媒体报道我院抗疫170篇，其中国家级媒体3篇，学习强国11篇。2021年6月，吴川出现一例无症状感染者，我院组建五批共200余次医护人员的核酸采样医疗队驰援吴川开展核酸检测工作，共采集核酸标本117357人份；积极主动承担疫苗接种和核酸采样任务（完成 四个一 ），启用了湛江市第一辆流动疫苗接种车，实现流动接种队、医院、社区疫苗接种工作全覆盖；湛江市唯一一个承担三个以上接种点任务的医院，共为群众接种新冠疫苗310242针次；第一家开放夜间核酸采样点的医院；唯一承担湛江市冷链核酸物检工作的医院，完成采样24246次。
历经百年，医院曾荣获：全国医药卫生系统先进单位、广东省扶残助残先进集体、湛江市花园式单位、湛江市文明单位、湛江市诚信守法活动先进单位、首届湛江市先进志愿服务组织、湛江市先进基层党组织、湛江市抗击新冠肺炎先进集体、全省公立医院党建工作示范点、广东省脱贫攻坚先进集体等荣誉。被国家卫生计生委中华健康快车授予白内障治疗中心、中华健康快车糖尿病视网膜病变筛查防治筛查中心，被湛江市卫健局授予 湛江市青少年近视、弱视防治中心 等荣誉称号。
百年老院，历史悠久，底蕴深厚，不断跨越，始终以人性化的流程，优美的环境，先进的设备，一流的技术，焕发出无限生机。如今，正处于百年以来最好的发展时代，我院将立足新发展阶段、坚持新发展理念、构建新发展格局，牢牢把握发展机遇，大力强化内涵建设，打造高水平管理和技术人才队伍，拓展医院医疗服务的承接能力，打造优质高效的医疗服务质量，提高医院核心竞争力，奋力建设 特色鲜明的区域高水平医院 。
