中山六院作为全国规模最大、学术影响力最强的胃肠疾病医疗高地，胃肠肛门专科拥有高级职称者50余名，设置专科床位800张，拥有国内最高水平之一的结直肠肿瘤、胃肿瘤会诊诊治中心，华南地区首家胃、肠肿瘤MDT门诊和炎症性肠病MDT门诊，针对专科特色病种开设有疝外科、胃肠道息肉、放射性肠病、造口治疗等专科门诊。核心病种结直肠癌年手术量超5000例（全国第一），炎症性肠病年诊疗量高居全球第一，达1万例次/年。医院以结直肠肿瘤及肛肠盆底疑难疾病为龙头，带动普通外科、消化系统疾病学科群建设。2021年中国医院科技量值排行榜上医院普通外科学位居全国第15名。
医院生殖医学中心，年取卵周期数接近9000个周期，华南地区第一，专科规模位居全国前6，中心拥有华南地区最大的生育力保存库，创新开展胚胎植入前遗传学诊断项目（PGD/PGS）等新技术。
作为综合性医院，医院各临床科室设置齐全，普通外科为国家重点学科、卫生部临床重点专科，结直肠肛门外科、肾内科、麻醉科、医学影像科、消化内科、运动医学科、泌尿外科为广东省临床重点专科。普通外科、胃肠外科、肛肠外科、生殖医学、消化内科、新生儿科、康复医学科等7个专科上榜广东省医院最强科室榜单 。
医院坚持人才引育双轮驱动，重视人才成长文化氛围培育，全方位完善全周期人才引育体系，着力打造一支素质优良、数量充足、结构合理、综合竞争力强的的人才队伍。自2007年成立以来，从海内外引进包括国家级人才、中山大学 百人计划 领军人才、国务院特殊津贴专家、卫生部有突出贡献中青年专家等各学科学术带头人40余人。近五年，人才自主培养取得历史性突破，新增入选国家级人才项目5项、省部级及市级人才项目16项，拥有国家级学术团体主委、副主委19人次。
医院是国内首批普通外科专科医师规范化培训基地，现有16个住院医师规范化培训基地，承担着本科生、八年长学制学生、硕士、博士研究生的教学任务。
中山六院大力推进研究型医院建设，积极推进研究大平台建设。医院下设有 中山大学胃肠病学研究所·广东省胃肠病学研究所 为广东省重点实验室（包括：中心实验室、分子诊断实验室、数据库、组织库、生物治疗中心及实验动物中心）；拥有 人体微生态与老年慢病 教育部重点实验室、教育部 111 基地，广东省工程中心3个（广东省炎症性肠病精准诊疗工程技术研究中心、广东省生物医用材料转化与评估工程技术研究中心、广东省生育力保存工程技术研究中心）；国内最大的胃肠疾病样本库；广东省唯一的国家消化系统疾病临床研究中心分中心。
中山六院期刊中心承办两本国内胃肠领域顶级期刊（《中华胃肠外科杂志》和《中华炎症性肠病杂志》），以及我国胃肠领域唯一的SCI收录期刊Gastroenterology Report（影响因子4.063，Q2区）。
医院与广州市黄埔区在生物岛合作建设的 生物岛医学创新转化空间 已经成功落地；进一步建设的 医学创新研究院广东省研究型医院协会 计划于2023年6月挂牌投入使用，未来将可提供近2万平方米的科研空间，实现从创新研发、临床研究、研究型医生培训、成果转化的全覆盖，促进医院学科与科学研究的内涵建设发展。
医院承担有国家重点研发计划、国家科技支撑计划、973计划、863项目、国自然重点项目等国家重大重点项目。近5年，全院科研经费、高水平文章数持续增长，科研经费总量连续突破亿元，获得国家科技进步二等奖，研发转化成果入选 中国十大科技进展 。
新时代医院将贯彻高质量发展理念为核心任务，以研究型医院建设抓手，努力把中山六院建设成为专科特色鲜明的现代化大型综合性医院，国内前列、国际知名的研究型医院、胃肠疾病国际临床与科研中心。竭诚欢迎国内外优秀应届毕业生与非应届毕业生前来应聘。
