医院始创于1948年，前身为中国红十字会青浦分会医院，2002年1月冠名为复旦大学附属中山医院青浦分院、上海市青浦区中心医院。1995年被世界 卫生组织（WHO）认定为爱婴医院，1998年起连续七届被评为上海市文明单位，2003年被指定为青浦区台胞台商定点医院。2008年，在新一轮上海市 区域卫生规划项目中被纳入郊区三级医院建设单位之一，2012年底圆满完成了三级医院等级评审工作。
医院总占地面积10.48万㎡，建筑面积 11.5万㎡，二期扩建工程于2013年内启用，届时开放床位将由现在的735张提升至1030张。医院现有职工1331人，其中卫技人员1124名，卫 技高级职称83人，医、护中级职称438人，博士及硕士学历研究生116名。2012年，医院门急诊量突破135万人次，年出院病人2.8万人次，手术 10930台。
医院拥有先进的医疗设备，包括磁共振成像系统、血管造影X射线系统（DSA）、64排全身X射线计算机断层扫描系统、16排多层螺 旋CT机、超声气压弹道碎石机、数字化彩色多普勒超声诊断仪、高清电子腹腔镜系统、手术内窥镜系统（腹腔镜.胸腔镜.前列腺汽化电切镜）、电子支气管内窥 镜系统、中央监护系统、全自动微生物鉴定及药敏分析系统、全自动化学发光仪、全自动生化分析仪、尿动力学检查系统、麻醉系统、中型10/4高压氧舱等设 备。
医院开设有27个临床科室、7个医技科室和20个病区。临床科室设有心内科、呼吸内科、肾内科、神经内科、内分泌科、血液科、消化内科、神经 外科、普外科、胸外科、骨科、泌尿外科、妇科、产科、儿科、急诊ICU科、麻醉科、中医科、耳鼻咽喉科、肿瘤科、眼科、口腔科、皮肤科、康复科和感染疾病 科等；临床科室配置产科胎儿监护室、血透室、手术室、急救室和特需病房等；医技科室设有放射科（普放、CT室、MRI室）、药剂科、检验科、超声诊断科、 高压氧舱综合科等。目前，医院拥有创伤骨科、急诊科和产科3个上海市医学重点学科，微创外科、泌尿外科、呼吸内科和放射科等8个青浦区领先（重点）专科。
近 年来，医院在科教研建设上进步显著，科研水平得到了大力提升。其中在研市科委课题2项，市科委白玉兰科技人才基金1项，省部级课题1项。市卫生局课题17 项，区在研课题80余项，荣获区科技进步奖12项，授权实用新型专利9项。2012年度共发表论文190篇，其中核心期刊66篇，SCI论文3篇。医院现 已成为复旦大学上海医学院、蚌埠医学院、南通大学医学院教学医院，20余位高级职称医师被聘为兼职教授。医院为上海市全科医师规范化培训基地，复旦大学上 海医学院五年制临床专业实习基地，上海市急诊专业护士实训基地，青浦区全科医师临床技能培训实习基地，神经内科、普外科、泌尿外科、骨科、急诊科成为市级 住院医师规范化培训教学基地。
中山医院青浦分院将秉承着 你我携手，健康共守 的服务理念，开拓创新，勇于探索，积极为推动青浦经济社会可持续发展、保障人民群众身体健康而不断努力。
