厦门医学院附属第二医院是厦门岛外唯一一所集医疗、教学、科研、急救为一体的三级甲等综合性公立医院,承担着辖区及周边100余万群众的医疗、预防、保健、康复服务保障任务。
医院编制床位1300张，实际开放1260张，职工1674人，硕士研究生及以上学历351人，高级专业技术职称287人。2020年，医院门急诊114万人次，出院病人4.7万人次，手术例次3.6万人次（含各类无痛技术操作），血液透析3.4万人次，支气管镜介入诊疗业务8220人次，消化内镜介入诊疗业务1.7万人次。
医院设有38个临床科室和11个医技辅助科室。拥有市级医学中心1个（厦门市呼吸疾病诊治中心），6个市级规划重点专科，2个市级优势亚专科，2个厦门市名医工作室，9个专家工作室。2018年初，医院与厦门医学院基础医学部成立了呼吸疾病研究所，钟南山院士任名誉所长。
医院以 整体推进、重点发展 为发展思路，以呼吸内科、肾内科、心血管内科、心胸外科、妇科腔镜、肿瘤放射诊断为重点。其中呼吸介入诊疗是呼吸内科的优势，拥有国内一流的技术及设备，在全省首先行硬质支气管镜下硅酮支架植入，并广泛开展硬质气管镜下的诊断与治疗，在经软质支气管镜及硬质气管镜下置入支架等治疗技术方面达国际先进水平，年呼吸内镜检查/治疗8千余例；肾内科血透室是厦门市设备最先进、规模最大、技术力量最雄厚的血液净化室(面积近3千平方米，血透机位103个)。
医院设备设施齐全，拥有3.0T医用核磁共振成像设备（MRI)、128排螺旋CT、医用电子直线加速器（LA）、光子发射型电子计算机断层扫描仪（SPECT）、大孔径CT模拟定位机、800毫安以上数字减影血管造影X线机（DSA）、全数字化乳腺X线机、数字DR拍片机、钬激光、体外冲击波碎石机、全自动生化分析仪、高档超声彩色多普勒诊断仪、各种腔镜、支气管镜、进口血透机等先进医疗设备，总价值超4亿元。
医院为福建省首批省级妇科内镜诊疗技术培训基地；福建省呼吸内镜培训基地；中国医师协会呼吸内镜医师培训基地；肺癌诊断与治疗示范基地。厦门市呼吸内科质量控制中心，国家卫生健康委脑卒中防治工程委员会认证的高级卒中中心，中国胸痛中心执行委员认证的胸痛中心。
120年的岁月沧桑，医院沉淀了厚重的文化精髓。医院将不忘初心，传承百年救世精神，延续诚毅永恒丰碑，为广大患者提供安全、便捷、优质的医疗服务。
