重庆市第九人民医院位于缙云山麓、嘉陵江畔的北碚城区内。其前身为卢作孚先生1927年创办的峡区地方医院。抗战爆发后，抗战爆发后，国立江苏医学院（今南京医科大学）于1939年搬迁到此，其附属医院（今江苏省人民医院）也在此开诊。1953年医院正式命名为 重庆市第九人民医院 隶属重庆市卫生局。1994年医院成为重庆市医疗急救分中心。1997年重庆直辖后医院又划归北碚区卫生局管理，2001年重庆市政府将 重庆九院 规划为重庆北部区域医疗中心，2003年医院被评审为三甲医院。目前重庆九院已发展为重庆北部地区最大的医疗中心、重庆医科大学北碚附属医院、西南大学附属医院、第三军医大学教学医院、美国加州圣盖堡医院友好医院。医院的三大定位是：医院成本管理研究全国领先；儿童孤独症康复治疗中国西部领先；医教研综合实力重庆北部领先。
医院有一个本部和三个分院，占地面积7.1万平方米，建筑面积10万余平方米，固定资产总值4.74亿元。目前编制床位1200张，在岗员工1648余人，其中高级职称技术人员219人，博士、硕士生（含在读）222人。
医院通过实施人才强院战略，专科水平和综合实力有了较大提升，2019年获批设立市级博士后科研工作站。现有硕士生点8个、2个省部级 中心 ，21个省部级重点学科（专科）、特色专科，9个区级重点专科。其中医院成本控制研究室为重庆市卫生局重点研究室，2015年底批准为 重庆市医院成本管理研究中心 ；儿童孤独症专科为市医疗特色专科、 重庆市儿童孤独症康复治疗中心 、全科医学科为重庆市医学重点学科；儿科、急诊医学科、内分泌科、神经内科为重庆市临床重点专科；肾内科（血液净化）、胸外科（食管疾病）为重庆市医疗特色专科，风湿科、神志病科、康复科为重庆市中医重点专科建设项目；肝胆外科、儿科、内分泌科为重庆市区域医学重点学科；消化内科、内分泌科、妇产科、普外科、骨科、神经内科、心血管内科、感染科、肿瘤血液科为区级重点专科。
2017年，医院与两江新区管理委员会签署合作协议，由委员会投入4.2亿元，在北碚水土高新技术产业园区新建一所拥有500张床位，占地面积96亩，总建筑面积约6万平方米的两江分院。目前医院正以一个院本部为主体，完善两翼（3个分院和两江分院）的学科布局，不断丰富附属医院内涵，促进医院医教研协调协同发展。
